23 квітня 1180 року, в ході війни самурайських родів Тайра й Мінамото, відбулася перша битва при Уджі. У ній війська Тайри но Томоморі та Тайри но Шіґехіри вщент розбили сили Мінамото но Йорімаса. 19 лютого 1184 року на берегах річки Уджі сталася друга битва, в якій зійшлися Мінамото но Йошіцуне та Мінамото но Йошінака. Вона закінчилася перемогою першого.
1486 року Уджі стало одним з центрів повстання місцевої знаті провінції Ямашіро. Ця знать сформувала самоврядний союз, який захищав свої землі від урядових військ протягом 7 років.
Уджі отримало статус міста 1 березня 1951 року.
